Ergenekon Davası'nın yaklaşık 16 bin 600 sayfalık gerekçeli kararın "önsöz" bölümünde, kararın sistematiğine ilişkin açıklamalar yer aldı. 

Duruşmaların 20 Ekim 2008'de başlayıp 5 Ağustos 2013'te sona erdiği ifade edilen kararda, şunlar kaydedildi:

"Bu yargılama sonunda, Ergenekon diye bir örgüt olduğu, bu örgütün yapısı, eylemleri ve belgeleri dikkate alındığında mevcut yasalara göre silahlı bir terör örgütü özelliği taşıdığı, bu silahlı terör örgütünün bir derin devlet yani Gladyo/Kontrgerilla yapılanmasına karşılık geldiği ve esas olarak Türk Silahlı Kuvvetleri içinde yasadışı olarak oluşturulup faaliyet gösterdiği, mensupları arasında asker-sivil toplumun her kesim ve statüsünden insanların bulunduğu sonucuna varılmıştır. Toplumda geçmişten bu yana Ergenekon ismi dahil değişik isimlerle bilinen, kabul edilen ve eylemleri şikayet edilen 'derin devlet yapılanması' hakkında ilk kez bir yargı kararı verilmiştir. Yapılan yargılamada sanıklar hakkında, gerek Ergenekon Terör Örgütü üyeliği gerekse işledikleri sair suçları nedeniyle cezalandırılmalarına karar verilmiştir. Sanıkların işlediği sabit görülen sair suçların en önemlisi, 'cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etme (hükümeti cebren ıskat veya vazife görmekten cebren men etme)' suçudur."

Kararda, askeri darbelerin öncesinde toplumun buna hazırlandığı ve büyük mağduriyetler yaşanmasına neden olduğu aktarıldı.  

Yapılan savunmalarda, Ergenekon Terör Örgütü'nün faaliyetlerinden dolayı sanıkların suçlandıkları hususu görmezden gelinerek, "Türk ordusuna büyük bir buhtan yapıldığı"nın iddia edildiği kaydedilerek, "Sanki Türkiye'de hiç darbe olmamış ve hükümetlerin görevi sekteye uğratılmamış gibi bir yaklaşım sergilenmiştir" denildi. 

Ülkeyi darbeye götüren süreçte gelişen acılarla dolu olaylar ve bu olayların ardından gerçekleşen müdahalelerin izleri hala tam olarak silinemediği kaydedilen gerekçeli kararda, şöyle devam edildi: 

"Bu gerçekliği kim görmezden gelebilir? Buna karşın sanıkların özellikle belli bir kısmının gerek telefon konuşmalarında, gerek yazılarında ve gerekse savunmalarında 1960 askeri darbesini, bir devrim olarak değerlendirdikleri, bu tür bir müdahalenin gerçekleşmesini açıkça ifade ettikleri, ordu millet el ele biraraya gelmesiyle ordunun gidişata dur demesi gerektiğinden bahsettikleri görülmüştür. Bunun yanında Ergenekon Terör Örgütü'nün gerek yönetici ve gerekse üye konumundaki hemen hemen tüm mensupları ülkede bir askeri müdahale veya darbe ortamının oluşmasını istemekte, hatta memleketin kurtuluşu için bunun olmazsa olmaz olduğunu düşünmekte ve yaptıklarını bir Kuva-yı Milliye Harekatı olarak değerlendirmektedirler. Dosyada bu tür yüzlerce delil mevcuttur. Sanıklar bu kastlarını, hem nefret ve şiddet içeren söylemleri hem de eylemleriyle açıkça ortaya koymaktadırlar. Hatta bazı sanıklar sözkonusu bu yöndeki isteğin 'düşünce ve ifade özgürlüğü' kapsamında değerlendirilmesi gerektiğini belirtmişlerdir. Oysa Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi, ifade ve örgütlenme özgürlüğünün şiddete ve nefrete çağrı olarak kullanılması durumunu korumamış ve hatta değil şiddete çağrıyı, ifadeler şiddete çağrı içermese dahi, yapılmış bir terör eylemini doğru bulmayı ifade etmenin de ifade özgürlüğü kapsamında değerlendirilemeyeceğini belirtmiştir."

Kararın önsüz bölümünde, gerekçeli kararın içeriği ve sistematiği hakkında bilgi verildi. 

Türk yargı tarihinde "Ergenekon silahlı terör örgütü" davasının birçok bakımdan çok önemli bir yeri olduğu belirtilen kararda, bunlar 11 başlık altında şöyle sıralandı:

"1 - Derin Devlet/Kontrgerilla/Gladyo/Süper NATO isimleriyle anılan 'derin yapı' ilk kez yargı önüne çıkarılmıştır. Bu fırsat hakkıyla değerlendirilebilirse ülkenin demokratikleşme serüvenine büyük katkısı olacaktır. Hiç kimsenin bugüne kadar varlığından şüphe duymadığı, hatta bu örgütün Türkiye'deki isminin Ergenekon olduğu belirttilen fakat hiçbir zaman yargılanamayan bu örgüt, ilk kez yargı önüne getirilmiştir. Örgüte bugüne kadar hesap sorulamaması bile bu örgütün gücünü ortaya koymaktadır.

Susurluk Davası'nda bir hücresine ulaşılabilen, ancak o zamanki şartlar ve delil durumu gereği ancak 14 kişinin, sadece çıkar amaçlı suç örgütü kapsamında yargılanabildiği derin yapı, 2008'de başlayan yargılamayla daha bütüncül ele alınarak yargılanmıştır. Ergenekon Terör Örgütü davasında, aynı zamanda Susurluk Davası'nın da hükümlüsü olan dosyamız sanıklarının, dosyamızın diğer sanıklarıyla girift irtibatı Susurluk Kazası ve sonrası sürecinin anlatıldığı bölümde ayrıntılı olarak ele alınmıştır.

2 - Bu yapının tespit edilebilen örgütsel yapısı ve belli bir düzende hazırlanmış örgüt belgeleri ilk kez resmi olarak ortaya konmuş ve yargılamaya konu edilmiştir.

Örgüt belgeleri açısından 'Ergenekon Terör Örgütü', en fazla belgesinin ele geçirilip, yargılamaya konu edildiği bir örgüttür. Gerekçeli kararımızda bu örgüt belgelerinin hangi sanıklardan çıktığı, içerdiği yasadışı unsurlar, hazırlanış süreçleri, aralarındaki ilişki, kimler tarafından nasıl hazırlandıkları gibi hususlar, örgüt belgelerinin anlatıldığı müstakil bölümde yer almıştır.

3 - Sadece tetikçiler veya alt tabaka örgüt üyeleri değil, onları yönlendiren ve yönetenler de yargılanmış ve cezalandırılmışlardır.

Her kesimden kimsenin dile getirdiği 'yargılamalarda niçin kullanılanlara ulaşılıyor, kullananlara ulaşılamıyor' haklı itirazı bu yargılamada büyük ölçüde giderilmiştir. Öyle ki mahkememiz uygulamaları ve ara kararları ile özellikle bu konuya yoğunlaşmış ve takdir ettiği cezalarda bu hususu özellikle dikkate almıştır."

- "Delilden sanığa ulaşılmıştır"

 Önsözün 4. maddesinde bu yargılamada ön plana çıkan en önemli hususlardan birinin, soruşturmaların kural olarak delilden sanığa ulaşılması usulü ile yürütülmesi olduğu ifade edilerek, "Mahkememizin olayların kronolojik seyrini anlattığı; dava sanıklarının soruşturmaya nasıl ve niçin dahil edildikleri ve bazı soruşturma işlemlerinin özetlendiği bölümde bu husus açıklıkla ortaya konulmuştur" değerlendirmesine yer verildi. 

"Mahkememizin yaklaşık 5 yıl süren kesintisiz yargılaması dünya tarihinde bugüne kadar eşine rastlanması mümkün olmayan bir gözlem olanağı sağlamış ve yüzyüze yargılama ilkesinden beklenen maslahat tam olarak gerçekleşmiştir" ifadesiyle başlayan önsüzün 5, maddesinde şunlar kaydedildi: 

"Mahkeme heyeti yargıladığı sanıkları her yönüyle gözlemlemiş, dosyadaki deliller karşısındaki tavır ve söylemlerini yakinen değerlendirmiştir. Haftanın 4 günü, çoğu gün resmi mesai saatlerinin üzerinde bir süre içinde yapılan 620 duruşma boyunca sanıkların suçlamalar karşısında yaptıkları savunmaların isnatları hangi ölçüde karşıladığı, savunmalarındaki mesajları, birbirleri hakkındaki beyanları, ortak hareketleri, yargılama sırasındaki örgütsel dayanışma ve tavırları ve benzeri gibi gözlemlenen birçok husus vicdani kanaatın oluşmasına katkı sağlamıştır."

-"Dirençle karşılaşılmıştır"

Önsözün diğer maddeleri şöyle sıralandı: 

"6- Bir derin devlet yapılanmasının yargılandığı davamızda olması beklenen bir dirençle karşılaşılmıştır. Dava sanıkları tarafından yargılanan örgütün özelliklerine uygun olarak psikolojik harp tekniklerinin her türlüsü kullanılmıştır. Sanıklar savunmalarında mahkeme heyetini etkilemekten daha çok, kamuoyunu etkilemeyi kendilerine amaç olarak seçmişlerdir. Her davada görülebilecek hatalar büyütülmüş, aleyhteki önemli deliller özenle gündemden kaçırılmıştır. Öncelikle davayla ilgili olumsuz birçok algı oluşturulup bunların devamlı tekrar edilmesi sonucu kamuoyunun algılar üzerinden konuşmasını sağlamak hedeflenmiştir. Bunda başarılı da olunmuştur. Televizyonlardaki tartışma programlarında dosyayı iyi bilen, neresini gündeme getirip neresinden bahsetmemesi gerektiğinin farkında olan sanık müdafileri karşısında, dosya hakkında derinlemesine bilgi sahibi olmaları mümkün olmayan konuşmacılar çıkmıştır. Adeta mahkeme dışında mahkemeler oluşturulmuş ve yargılama mahkeme salonları dışında devam etmiştir. Oysa kararı verecek kişiler yargılamayı beş yıldır devam ettiren, dosyayı gerek bir bütün olarak ve gerekse sanıklar ölçeğinde en iyi bilebilecek durumda olan bağımsız ve tarafsız yargıçlardır. Ancak sanıklar hakkında karar verecek kişilerin hakimlik mesleği gereği görüşlerini ancak verecekleri kararın gerekçesinde açıklayacak olmaları ve bununda belli bir süreç gerektirmesi ise aşılması güç bir handikaptır."

Mahkeme heyetinin bu yargılamada sırtına çok ağır bir yük yüklendiği bildirilen gerekçeli kararda şu değerlendirmelere yer verildi: 

"Mahkeme hakimleri hem bu derece ciddi iddiaları içeren yargılamayı kesintisiz olarak yapacak, hem dosyayı inceleyecek, hem duruşmalara hazırlanacak, hem sanıkların taleplerini karşılayacak, hem sanıklar, müdafileri ve etkiledikleri kamuoyunun bir kısmının gayri hukuki ve insafsız propagandalarını göğüsleyip, kasıtlı olarak oluşturulmak istenen reddi hakim sebeplerinin oluşmasına fırsat vermeyecek, hem moral ve motivasyonunu kaybetmeden çalışacak ve hem 'hakim hükmüyle konuşur' ilkesine sadık kalmaya özen gösterecek, ama doğal olarak kasıtlı olarak oluşturulan ve olgularla örtüşmeyen algının üstesinden gelmenin zorluğunu yaşayacak, hem dava dışı unsurların konjonktürel lehe/aleyhe beyanlara karşı bir şey diyememenin sıkıntısını yaşayacaktır. Bütün bu zorluklara rağmen yargılama usul kurallarına son derece dikkat edilerek ve titiz bir çalışma sürdürülerek sonlandırılmıştır.

Sanıkların ve müdafilerinin duruşma içinde ve dışında yürüttükleri aşırı yıpratıcı psikolojik propaganda faaliyetine rağmen yargılama olması gereken şekilde, tahriklere kapılmadan, hakaret ve tehditlerden etkilenmeden yerine getirilmiştir. Sanıkların mahkemeyi yorma ve bunaltma yönünde geliştirdikleri yoğun ortak tavır, hakimlik mesleğinin vakar ve ciddiyeti ile savuşturulmuştur. Yargılamanın her aşamasında mahkeme hakimlerine (ve savcılarına) yönelik sistematik ve gerekçeden yoksun bir çok redd-i hakim ve çekilme talepleri, açık ve üstü kapalı tehditler, tahrik edici hakaretlerle ile ilgili hukuki olarak gereği yerine getirilmiş ve sanıkların arzu ettikleri sonucun doğmasına fırsat verilmemiştir.

Hakim ve savcılara yapılan hakaretler yanında, sanıklar, Cumhurbaşkanı, Başbakan, Bakanlar ve yakınlarına da devamlı olarak hakaret ve tehditte bulunmuşlardır. Önceki Genelkurmay Başkanlarından emekli Orgeneral Hilmi Özkök hakkında da yoğun bir karalama ve itibarsızlaştırma faaliyeti yürütmüşlerdir. Sanıkların bu tavırlarının dava öncesini de kapsayacak şekilde olduğu ve yargılama sırasında da devam ettiği görülmüştür.

Sanıklar ve bir kısım müdafileri yargılamanın başından itibaren yaptıkları suç içeren bu tür eylemler ile mahkemenin işleyişini engellemeye teşebbüs etmişler ve gelen seyircileri tahrik etmişler, özellikle mahkemenin talepleri aldığı günlerde, yani sadece dinleme konumunda olduğu zamanlarda, gelen seyircileri merkez alarak konuşmalar yapmışlardır. Sanıkların bu kadar cüretkar tavırları dahi bir güce dayanarak hareket ettiklerini ve açık kanuna aykırı hareketlerinin cezasız kalacağına inandıklarını çok iyi bir şekilde ortaya koymaktadır."

- "Yargılama süreci görsel ve sesli kayıt altına alındı"

Önsözün 7. maddesinde sanık müdafilerinin durumuna yer verilerek, şunlar kaydedildi: 

"Profesyonel meslek erbabı olması gereken bir kısım sanık müdafilerinin, kendilerini duygusal ve düşünce olarak yakın gördükleri müvekkillerinin yerine koyarak avukatlık etiğine aykırı hareketler sergiledikleri, suç oluşturacak eylemler icra ettikleri, bunda ısrar ettikleri, sıklıkla mahkemeyi tanımadıklarını söyleyip, diğer meslektaşlarını tahrik ettikleri, mahkeme heyeti ile ilgili olumlu yorum yapan meslektaşlarına sert tepki gösterip, bir sonraki duruşmalara bu avukatların katılmamalarına neden oldukları gibi birçok hukuka aykırı davranışları gözlemlenmiştir. Bununla ilgili olarak suç duyurusunda bulunulmuş ve gerekli hukuki tedbirler alınmıştır. Bu avukatlardan bir kısmı da duruşmada açıkça hiçbir maddi bedel almaksızın sanıkların savunmalarını yaptıklarını ifade etmişlerdir."

Kararın 8. maddesinde, tüm yargılama sürecinin görsel ve sesli olarak kayıt altına alındığı bunların daha sonra yazılı hale getirildiği belirtildi.  

- "Gerekçeli karar yazılırken zorluklarla karşılaşılmıştır"

 Gerekçeli kararın yazım aşamasına yer verilen 9. madde de ise şu ifadeler yer aldı: 

"Bu büyüklükteki bir dosyanın gerekçesi yazılırken bir taraftan bütünün anlaşılması ve kavranılabilmesi bakımından tüm delillerin insicamlı olarak ortaya konması, bir taraftan tekrardan kaçınılması, bir taraftan bireysel hukuki durumlar ile genel değerlendirmeler arasında makul ve net bir köprü kurulabilmesi gibi zorluklarla karşılaşılmıştır. Dosyanın büyük hacmi karşısında savunmanın ve iddia makamının dosyadaki tüm delillere ulaşabilmesi ve denetim mercilerinin sağlıklı bir inceleme yapabilmesi bakımından dava delil klasörleri ve sonradan dosyaya giren tüm evrak titizlikle okunabilir/taranablir PDF formatında dijital ortama aktarılmıştır. Gerek yazılı ve gerekse dijital olan bütün dosyalar isim ve numara verilerek kolayca ulaşılabilir bir şekilde arşivlenmiştir. Dosya arşiv sistematiğini gösteren ayrıntılı açıklama taraflara bildirilmiştir. Gerekçeli kararımızda da bu konuya ayrı bir bölümde yer verilmiştir.

Gerekçeli kararımız, şimdiye kadar yargılama mercilerinin yaygın olarak kullanmadığı 'dipnot' sistemine özel bir önem verilerek kaleme alınmıştır. Bununla taraflara ve denetim merciine gerekçede dayanılan değerlendirmelerin kaynağını rahatça görmeleri imkanı sunulmuştur.

Dava sürecinin anlatıldığı 10. maddede sanıklardan ele geçen tüm dijital aygıt ve materyallerinin, emanet memurluğundan getirtilerek naip hakim incelemesi yapıldığı ve belge içeriklerine doğrudan vakıf olunduğu belirtilerek, "21 ayrı iddianame ile açılan davaların birleştirilmesiyle görülen 275 sanığın yargılandığı yaklaşık 5 yıl süren bu dava zorunlu nedenler dışında kural olarak kesintisiz devam etmiş, tam 620 duruşma yapılmış, sadece duruşma zabıtları yaklaşık 42 bin sayfa tutmuş, 157 tanık dinlenilmiştir" bilgilerine yer verildi. 

Mahkeme tarafından binlerce delil klasörü ve yüzbinlerce sayfanın okunduğu beliritilen kararda, "Sanıkların ve müdafilerin yaptığı bazılarının onlarca günü tutan mahkemedeki savunmaları ile soruşturma aşamasındaki ifadeleri titizlikle özetlenmiştir. İddia makamının, iddianame ve mütalaasındaki bazı görüşlerinin, mahkememizce de sabit kabul edildiği durumlarda bu kısımlara gerekçeli kararımızda aynen veya bazı dipnotlarla zenginleştirilerek yer verilmiştir" denildi.

Önsöz bölümünde, kararın gerek içerik gerekse sistematik olarak anlaşılabilir olması için büyük bir gayret sarf edildiği vurgulandı.

Önsözde, "Ergenekon Terör Örgütü"nün ilk kez bir yargı merciince terör örgütü olarak kabul edilmesinden dolayı ayrıntılı açıklamalar yapıldığı belirtilerek, gerekçenin tam olarak kavranılabilmesi ve doğru olarak analiz edilebilmesi için her bir bölümün ve bağlantılı olduğu bölümlerin, dipnotlar da göz önünde bulundurularak dikkatlice okunması gerektiği, yine sanıkların doğrudan soru sorulma (çapraz sorgu) aşamasında verdiği cevapların da davanın ve sanıkların bireysel durumunun anlaşılması bakımından önemli olduğu kaydedildi.

Tekrara sebep olmamak için bazı konulardan yalnızca bir bölümde bahsedildiği, dağınık binlerce delilin bir düzen içinde iddia, savunma ve temyiz merciinin dikkatine sunulmasına gayret edildiği aktarıldı.

Gerekçeli kararın önsözünde, esas olarak "İddia Makamının İddiaları ve Sanık Tarafının Savunmalarını İçeren Bölüm (1.Kitap)", "Örgütün Varlığının ve Eylemlerinin Anlatılıp Ortaya Koyulduğu ve İlgili Delillerin Tartışılıp Değerlendirildiği Genel Bölüm (2. Kitap)", "Sanıkların Bireysel Hukuki Durumları İle İlgili Delillerin Tartışılıp Değerlendirildiği Bireysel Bölüm (3. Kitap)" olarak 3 başlık altında toplandığı belirtilen kararda, bu üç kitap dışında "giriş" ile emanet ve masrafların da yer aldığı "Hüküm Fıkrası" bulunduğu anlatıldı. Kararda, ayrıca mahkeme kaleminin yaptığı bir kısım çalışmaların da ekler başlıklı bölümde dijital olarak hazırlandığı bildirildi.

- Kararda yer verilen bölümler

Önsözde, gerekçeli kararın Ceza Muhakemesi Kanunu ve Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nin sistematiği gözönüne alınarak yazıldığı belirtilerek, bölümler şöyle sıralandı: 

"1 - Soruşturma aşamasındaki olaylar kronolojik olarak anlatılmış ve bunların akabinde iddia makamı tarafından hazırlanan iddianamelerin sanıkların bireysel durumları dışındaki kısımları ve esas hakkındaki mütalaanın da genel kısımları özetlenmiştir. Soruşturma kronolojisine yer verilirken Tuncay Güney isimli kişinin 2001 yılındaki bir dolandırıcılık suçlamasıyla gözaltına alındığı olayına da yer verilmiştir.

2 - Sanıkların ve müdafilerinin kolluk, savcılık, sorgu hakimliği, mahkemede tespit edilen sorgu ve savunmaları ile esas hakkındaki savcılık mütalaasına karşı beyanları özetlenmiştir.

3 - Ergenekon silahlı terör örgütünün varlığı ortaya konulmuş, bu örgütün derin devlet/gladyo/kontrgerilla yapılanması olduğu ve esas olarak Türk Silahlı Kuvvetleri içinde yasadışı olarak örgütlendiği delilleriyle anlatılmıştır. Bu bağlamda Ergenekon terör örgütüne ait örgüt belgeleri içeriği ve hazırlanışı bakımından karşılaştırmalı olarak ayrıntılı ele alınmıştır. Yine geçmişte yargılaması yapılan ve Ergenekon terör örgütünün bir hücresi olduğuna kanaat getirilen çetenin yargılandığı Susurluk Davası ile dosyamız arasındaki bağlantılara yer verilmiştir.

4 - Ergenekon terör örgütünün özellikle amaç suçlara ilişkin eylemleri ve eylem planları tartışılmış ve değerlendirilmiştir."

Gerekçeli kararın 5. bölümünde, sanıklar ve müdafileri tarafından dile getirilen usuli, teknik ve esasa ilişkin itirazlarla ilgili yargılama sürecinde alınan ara kararlara ve bu konuda mahkemenin değerlendirilmelerine yer verildiği belirtildi. 

Sanıkların bireysel hukuki durumlarının ele alındığı 6. bölümde her bir sanığın sabit görülen eylemleriyle ilgili deliller ve bunların içeriğinin belirtildiği kaydedilen önsözde, şu ifadeler yer aldı: 

"Kararın 6. bölümünde, isnad edilen suçun sübutu ve takdir edilen ceza ile ilgili olarak hukuki tartışma ve değerlendirme yapılmıştır. Bazı isnat edilen suçların niçin oluşmadığı, özellikle suç tarihine göre, 'cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etme' suçu bakımından hangi ceza kanununun uygulanması gerektiği, 'geçitli suç' kavramının ne şekilde oluştuğu gibi hukuki konular açıklığa kavuşturulmuştur."

Kararın 7. bölümünde, sanıkların bazı haklarının ihlal edildiğine dair itirazları dikkate alındığı ifade edilen önsözde, yargılama boyunca özellikle Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nde zikredilen temel hak ve hürriyetlere ilişkin bazı itirazlar Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi kararları bağlamında değerlendirildiği belirtildi. 

Önsözde, sanıkların işlediği sabit kabul edilen başta TCK 312. madde olmak üzere, sair suçlarının hukuki tartışmaları ile bu suç tiplerinin oluşumu ile ilgili hukuki analizlerine ise 8. bölümde yer verildiği vurgulandı. 

Kararın 9. bölümünde, Ergenekon terör örgütünün amaç suçlar ve bu suçların gerçekleştirilmesi ile ilgili yasal ve yasadışı eylemlerinin ayrı ayrı ele alındığına işaret edilerek, şunlar kaydedildi: 

"Ergenekon terör örgütünün amaç suçları gerçekleştirmek için ön hazırlık mahiyetinde çalışmalar yapan sivil toplum örgütleri ile ilgili faaliyetlerine örgüt belgeleri ışığında ayrıntılı olarak yer verilmiştir. Bu bağlamda 2003-2004 yıllarında yasadışı Cumhuriyet Çalışma Grubu tarafından icra ve organize edilen askeri darbe plan ve çalışmaları, Cumhuriyet gazetesine bomba atılması, bir Danıştay üyesinin öldürülmesi, diğerlerinin öldürülmeye teşebbüs edilmesi, Cumhuriyet gazetesine molotof atılması, Genelkurmay Başkanlığı Karargahı'nda çalışan bir kısım muvazzaf askerlerin amaç suçların gerçekleşmesi bakımından icra ettiği faaliyetler, sahte isimlerle internet sitelerinin kurulması, 'İrtica İle Mücadele Eylem Planı'nın hazırlanması gibi eylemler delilleriyle tartışılmıştır. Aynı konulara sanıkların bireysel hukuki durumlarının değerlendirilmesi bölümlerinde de ilgili olduğu kadarıyla yer verilmiştir."

- "Karar, tam bir vicdani kanaatle verilmiştir"

Gerekçeli kararın önsüz bölümünün sonuç kısmında, "Özellikle belirtmek gerekir ki, gerekçeli kararın yazım sürecindeki 'dosyaları yeniden inceleme ve değerlendirme' aşamasında mahkememizin verdiği kararın ne kadar isabetli olduğu bir kez daha tarafımızca görülmüştür" denildi.

Bu sürecin vicdani kanaati daha da güçlendirdiği belirtilen bölümde, şu ifadelere yer verildi: 

"Sonuçta mahkememiz kararını bağımsız ve tarafsız olarak, tam bir vicdani kanaatle vermiştir. Ergenekon terör örgütünün hedeflediği amacın tam olarak gerçekleşmesi durumunda milyonlarca insanın ve bunların ailelerinin yaşayacağı acı düşünüldüğünde, millet adına karar veren mahkememizin aldığı kararla milletin vicdanına ne kadar değer verdiği açıktır.

Örgütlü suçlarla ilgili birçok eser okuma, dosya inceleme ve Yargıtay içtihatlarını değerlendirme konusunda imkan, fırsat ve tecrübeye sahip mahkememizce çok açık olarak belirtilmek gerekirse, gerekçeli kararını yazdığımız bu dava delil olarak emsalleriyle karşılaştırılmayacak bir zenginliğe sahiptir. Mevcut her çeşit delillerin örtüştüğü, birbirini tamamladığı ve doğruladığı görülmüştür. Öyle ki Yargıtay kararlarında suçun oluşumu için nitelik ve nicelik olarak aranan delillerin çok üzerinde delile ulaşılmıştır. Dosyada gerek örgütün varlığı ve gerekse sanıkların bireysel durumları ile ilgili birçok delil bulunmaktadır. Öyle ki bazı delillere hem zaman hem de yer darlığı nedeniyle sadece atıfta bulunmakla yetinilmiştir."

Önsözün sonuç bölümünde mahkemenin çalışma koşullarına da değinilerek, şunlar kaydedildi: 

"Mahkememiz, 30 yılda bitmez denilen davayı gece gündüz, hiçbir mesai gözetmeksizin, senelik resmi izinlerinin çok az bir kısmını kullanıp geri kalanında yine yargılama faaliyetine devam ederek, hafta içi ve hafta sonu geç vakitlere kadar çalışarak bitirmiş, bu çok karmaşık davada verdiği kararın gerekçesini de büyük bir gayretle tamamlamıştır. Gösterilen tüm olumsuz tavır ve tepkiler, sarf edilen kem sözler büyük bir sabırla ve hakimlik mesleğinin vakar ve haysiyetine uyar şekilde karşılanmıştır.

Bu gibi davalardan herkesin çıkarması gereken en önemli derslerden birisi de yargılamayı etkilemeye teşebbüs anlamına gelebilecek sözlerden kaçınmak gerektiğidir. Bu duyarlılık gösterilmediğinde hem yargılama uzamakta hem gerçekler değil toplumda oluşturulan algılar üzerinden değerlendirmeler yapılarak yanlış ve haksız sonuçlara varılmakta hem de hakimler yıpratılmaktadır. Bunun ise topluma ağır bedeller ödeteceği ortadadır. Bu nedenle olası benzer soruşturma ve davalarla karşı karşıya gelecek hakim ve savcıların 'adam sendeci' olmaya doğru evrilme tehlikesinin olduğunu söylemek de abartı olmaz." 

Ergenen Davası'nın gerekçeli kararının "önsöz bölümünde",  "darbeye teşebbüs suçunun" Başbakan Bülent Ecevit'e ve AK Parti Hükümeti'ne karşı işlendiği öne sürüldü.

Önsözde, şu ifadelere yer verildi: 

"Dosyamız kapsamında bu suçun, yani darbeye teşebbüs suçunun gerek 765 sayılı TCK'nın gerekse 5237 sayılı TCK'nın yürürlükte olduğu her iki dönemde de gerçekleştiği kanaatine varılmıştır. İlk dönemde hükümetin başında olan Başbakan Bülent Ecevit'i başbakanlık görevinden el çekmeye zorlama ve AKP Hükümeti'ne karşı Jandarma Genel Komutanlığı bünyesinde yasadışı olarak oluşturulduğu anlaşılan Cumhuriyet Çalışma Grubu'nun faaliyetleri ve planlanıp yürürlüğe konulan Sarıkız, Ayışığı, Yakamoz, Eldiven darbe planları çerçevesinde hükümeti cebren ıskata veya vazife görmekten cebren men etmeye teşebbüs edildiği görülmüştür. Bu dönemle ilgili birçok plan ve delilin ele geçirilmesi yanında zamanın Deniz Kuvvetleri Komutanı'nın tuttuğu günlüklerin 2003-2004 yılına ait kısmı ile yine sanık Mustafa Balbay'ın tuttuğu dijital not/günlük mahiyetindeki çalışmalar suç içeren eylemlerin anlaşılmasına katkıda bulunmuştur. Cumhuriyet gazetesine bombalı saldırı ve Danıştay hakimlerine karşı cinayet eylemi ile başlayan 2. dönemde ise bu eylemlerin hemen öncesinden kurulan nefret, şiddet ve darbe söylemleri içeren ve yasadışına çıkan sivil toplum örgütlerinin faaliyetleri ile AKP Hükümeti'nin görevlerini engelleme yönünde etkinlikler gösteren Ergenekon silahlı terör örgütünün kontrolündeki diğer bir kısım sivil toplum çalışmalarının yapıldığı görülmüştür." 

- "AKP'nin kapatılması sürecinde deliller üretilmiştir" 

AK Partili bir kişinin cumhurbaşkanı seçtirilmemesinin de hedeflendiği kaydedilen önsözde, şöyle devam edildi: 

"Yine Genelkurmay Başkanlığı Bilgi Destek Dairesi'nde yoğunlaşan muvazzaf personel ve silsiledeki üstleri tarafından hükümet aleyhine yasadışı planlar hazırlanmış, sahte isimlerle internet siteleri kurdurularak buralarda hükümeti yıpratıcı psikolojik propaganda içerikli yayınlar yapılmış, bunlarla hem toplumun tahrik olması hedeflenmiş, hem de AKP'nin kapatılması sürecinde deliller üretilmiştir. AKP kapatma davası sürecinde de bir kısım sanıkların aktif faaliyetleri olmuştur. Gölcük Donanma Komutanlığı İstihbarat Şubesi gizli bölmelerinden ele geçirilen deliller arasında dosyamızdaki iddiaları doğrulayan önemli delillere ulaşılmıştır. Bu deliller arasında özellikle 'İrtica İle Mücadele Eylem Planı' denilen AKP Hükümeti'ne karşı hazırlanan 'Proje'nin taslak çalışması, aralarında bazı dosya sanıklarının da bulunduğu ordudan emekli olanlar ve bazı diğer sivil şahıslardan oluşan gruplar ve görevlerini düzenleyen 'Kitleşim' isimli belge önem arz etmektedir. Yine Genelkurmay Başkanlığı Bilgi Destek Başkanlığı'na ait mahkememizce getirtilip incelen bilgisayarlar içinde de AKP Hükümeti aleyhine ve Ergenekon terör örgütünü destekler mahiyetinde çok sayıda belgeler elde edilmiştir. Bu belgeler incelendiğinde, 'İrtica İle Mücadele Eylem Planı' içeriği ile birebir örtüşen birçok çalışmalara ulaşılmıştır. Tüm bu süreçte Ergenekon terör örgütüne ait muhtelif yerlere gizlenmiş nitelik ve nicelik olarak vahamet arz eden silah, bomba, mühimmat ele geçirilmiş, Örgütün 'Karargah Evleri' ismi altında Türk Silahlı Kuvvetleri içinde örgütlendiği anlaşılmış, bazı sivil sanıkların Harp Okulu'nda okuyan askeri öğrencileri buralardaki örgüt mensubu öğrenciler aracılığıyla kazanma amaçlı çalışmalar yaptıkları ve bu öğrencileri üstlerine hatta o tarihteki mevcut Genelkurmay Başkanı aleyhine kışkırttıkları görülmüştür."

 - "Azınlıklara karşı nefret söylemi geliştirildi"

"Yine geçmişte devlet içindeki derin yapıyla ilişkisi gündeme gelen ve çete lideri olmaktan mahkum olan dosyamız sanığı emekli emniyet mensubu bir sanığın liderliğinde bazı suikast ve sabotaj planları yapıldığı, bu eylemler için subay ve emniyet teşkilatındaki örgüt üyelerinden kadrolar oluşturulduğu, bu kişilerin özellikle azınlık cemaat önderlerine ve alevi toplum temsilcilerine karşı eylem hazırlıkları içine girdikleri anlaşılmıştır" denilirken, azınlıklara karşı sistematik olarak bir nefret söylemi geliştirildiği belirtildi. 

- "Silah ve mühimmat kaos oluşturma potansiyeline sahip" 

Sanıklardan ele geçen silahlar ve mühimmat nitelik ve nicelik, yani hem sayı hem de özellik olarak çok vahim nitelikte olduğu, kimisinin mevcut herhangi bir kaydı olmayan, kimisinin ise kayıtlı oldukları yerde sarf edilmiş olarak gözüktüğü, bu silah ve mühimmatların toplumda kaos oluşturmaya ve faili meçhul cinayetlerde kullanılabilme potansiyeline sahip oldukları öne sürüldü. 

- "Sanıkların 'Yargılanan kişileri saygıyla selamlıyorum' demeleri..."

Dava sürecinde, dosyadaki delillerin benzer örgüt davalarında olmadığı kadar güçlü, çeşitli ve çok olduğu kaydedilirken, şöyle denildi:

"Örneğin, bu davadaki deliller ile benzer mahiyetli Susurluk Davası'nın delillerinin kıyaslanmasının dahi mümkün olmadığı anlaşılmaktadır. Bunun yanında yargılamanın her aşamasında mahkememiz yargılanan örgütün varlığını çok açık ve net olarak devamlı gözlemlemiştir. Ergenekon terör örgütünün kamuoyu oluşturma gücü, sanıklar arasındaki hem henüz haklarında dava açılmamışken hem de dava açıldıktan sonraki dayanışma ve görünürde aralarında herhangi bir irtibat ve tanışıklık olmayan sanıkların adeta gözü kapalı birbirlerini yargılama öncesi ve sırasında savunmaları ve kefil olduklarını beyan etmeleri, özellikle kovuşturma aşamasında birbirleri lehlerine beyanda bulunmaları ve birbirleri aleyhinde olan önceki ifadelerini değiştirmeleri, daha sonra bu yeni ifadeleri kullanarak geçmişte verilen ve aleyhlerinde olan ifadeleri tevil etmeleri ve düzeltmeleri, 'Burada yargılanan kişileri saygıyla selamlıyorum, Cumhuriyet'e bomba atanlar ve Danıştay'a saldıranlar dışında buradaki hiç kimsenin suçu yok, herkes vatansever, sanıklar delikanlı çıktı, kimse aleyhte konuşmadı vs' gibi sözleri devamlı dile getirmeleri, mahkeme hakimlerini ortak savunma stratejisine uygun olarak gözü kapalı eleştirmeleri ve sıklıkla redd-i hakim talebinde bulunmaları, aynı zamanda sistematik bir şekilde hakaret ve tehdit etmeleri, bazılarının savunmalarında mahkemeye yansıtmaya çalıştıklarının aksine gözlemlenen yakın ve samimi irtibatları, genel olarak birbirlerinin aleyhine beyanda bulunmaktan ısrarla kaçınmaları, hatta çok açık bir şekilde kendilerinin aleyhinde bilgi ve belge yakalatan veya konuşan sanıklar hakkında en küçük bir tepki göstermeyip, 'yargılamanın sonunu beklemek gerekir vs' şeklinde bir yaklaşım sergilemeleri gibi durumlar mahkememizin gözlemlediği bu çeşit yüzlerce olguya sadece birkaç örnektir."

- Telefon konuşmaları

Sanıkların bazı eylemlerle ilişkisini ve örgüt üyesi konumlarını ortaya koyan delilden birisinin de telefon irtibatları olduğu kaydedilen önsözde, şu ifadelere yer verildi: 

"Gerek soruşturma aşamasında ve gerekse yargılama aşamasında, -sanıkların kendi aralarındaki ve olaylarla ilgili irtibatını ortaya koyan teknik delil mahiyetindeki- HTS dökümleri ve iletişim tespit tutanaklarından yararlanılmıştır. Her sanığın bireysel hukuki durumlarının değerlendirildiği kısımlarda bu delillere yer verilmiştir. Örgüt davalarında bir kısım sanıkların bağlı oldukları örgüt dolayısıyla birbirleriyle tanışıyor oldukları bilinen bir gerçektir. Bu nedenle dosyamız bazı sanıkları kendileriyle ilgili HTS dökümü ve iletişimin tespiti tutanakları karşısında tanışıklıklarını açıklama konusunda çelişkiye düşmüşler ve/veya açıklayamamışlar, bu kayıtlarla uyuşmayan beyanlarda bulunmuşlardır."

- Ergenekon terör örgütünün kendine özgü yapısı

Gerekçeli kararın önsözünde, "Ergenekon terör örgütünün kendine özgü bir yapısı vardır" denildi. Bu cümle şu sözlerle açıklandı:

"Bu örgüt, birbirlerini tamamlayan ve destekleyen kompartımanları olan, ancak bu kompartımantasyon/perdeleme sistemi gereği birimler arasında sınırlı bir iletişimin söz konusu olduğu, Türk Silahlı Kuvvetleri'nden iktibas edilen 'bilmesi gereken' prensibi çerçevesinde örgüt üyelerinin faaliyet gösterdikleri, herkesin kendi uzmanlık alanında örgüte katkı sağlayıp örgütsel faaliyette bulunduğu bir yapılanmadır. Örgütün genel ve/veya güncel hedefleri doğrultusunda: bu yapılanmanın bir birimi; toplumun hazırlanması bakımından sivil toplum örgütlerini harekete geçirmekte/yönlendirmekte, toplantı ve gösteriler düzenlemekte/düzenletmekte, bir birimi; cebir ve şiddet içeren eylem(ler) ile alakalı planlar yapmakta, lojistik ve finansal destek sağlamakta, bir birimi; kendi üzerine düşen cebir ve şiddet içeren eylem(ler)i organize etmekte, işlemekte/işletmekte, bir diğer birimi; bu tür eylemlerden sonra özellikle basın kanalıyla dezenformasyon yapmakta, bir kısmı bu eylemlerin rüzgarını arkasına alarak toplumsal katmanları harekete geçirip geniş tabanlı organizasyonlar yapmaktadır. Sonuçta Ergenekon terör örgütü, dosyamız kapsamında tüm bu birbirini tamamlayan eylemleriyle amaç suçların oluşması, iddianamedeki ifadesiyle 'darbeye zemin hazırlama' yönünde faaliyet göstermektedir."

- "Örgüt, karışık ilişkiler yumağına sahip" 

Ergenekon terör örgütünün "çok karışık bir ilişkiler yumağına sahip olduğu"nun gözlendiği belirtilen önsözde, "Örgütün yargılanan ve mensuplarının cezalandırıldığı belli bir kısmı açığa çıkarılmış ise de bazı hücrelerine ulaşılamadığı görülmüştür. Yine Ergenekon terör örgütünün bazı birimleri ve uzantıları hakkında dosya kapsamına göre isabetli yorum yapılabilmesi mümkün olsa da bunlarla alakalı dosyada hukuki olarak yeterli delile ulaşılamadığı ortadadır. Bu yüzden bunların ayrı bir soruşturma ile ortaya çıkarılmasının mümkün ve gerekli olduğu düşünülmektedir" ifadelerine yer verildi. 

- "Örgüt, psikolojik harp ve propagandayı iyi biliyor"

Örgütün "psikolojik harp ve propaganda" tekniklerini iyi kullandığı vurgulanan önsözde, şunlar kaydedildi

"Özellikle Genelkurmay Başkanlığı Bilgi Destek Dairesi'nde (Önce ki ismiyle Psikolojik Harp Dairesi) çalışan bir kısım sanıkların faaliyetleri buna güzel bir örnektir. Yine özellikle sanık Doğu Perinçek ve yakın çevresi bu tekniği en etkin kullanan Ergenekon terör örgütü üyeleri arasındadır. Sanık Nusret Senem esas hakkında savunmasında psikolojik propaganda sanatını çok iyi bildiğini ve uyguladığını ifade etmiştir. Sanık Durmuş Ali Özoğlu, Mustafa Özbek gibi sivil sanıklardan ve Sanık Hurşit Tolon'dan GenelkKurmay Başkanlığı'na ait olduğu ilgili kurumca belirtilen 'PH (Psikolojik Harp)' isimli birçok word dosyası ele geçmiştir. Gerekçeli kararımızda açıklanan sanıklar arasındaki ilişkiler ile muhtelif yer ve zamanlardaki açıklamalarının değerlendirilmesi ve anlaşılabilmesi bakımından ilgili bölümlerde bu hususa özellikle yer verilmiş ve ayrıca delil klasörleri içinde bulunan 'Psikolojik Harekat (Harp) Sanatı'nı anlatan metinler müstakil bir başlık altında özetlenerek, bu konuda aydınlatıcı bilgiler verilmiştir. Sanıklar savunmalarında bu yöntemi ustalıkla kullandıkları için, bu davada olayların yalnızca düz mantıkla değerlendirilmesi eksik olur. Gerek sanıkların kişisel özellikleri gerek örgütün girift yapısı ve gerekse örgüt belge içerikleri daha değişik mantık önermelerinin de katkısından yararlanarak konuların ve sanıkların durumlarının değerlendirilmesini zorunlu kılmaktadır. Genelde tüm sanıkların hitap ve psikolojik propaganda yetenekleri bir hayli yüksek olduğu ve yargılama sırasında bu özelliklerini etkin olarak kullandıkları gözlemlenmiştir. Sanık profilinin etkinliği, çeşitliliği ve geçmişi ile dava konusu iddialar nedeniyle bu dava kamuoyunda yoğun olarak tartışılmış, ilgili ilgisiz birçok kişinin yargılamayı etkilemeye teşebbüs sayılabilecek sayısız açıklamaları olmuştur."

- Örgütün ismi

Türkiye'deki "derin devlet" ya da "gladyo" ismiyle bilinen yapılanmaya "Ergenekon" isminin verildiği kaydedildi. Önsözde, "Ergenekon" ismi üzerinde yapılan tartışmalara da değinilerek, şu ifadelere yer verildi:

"Örgütün ismi, örgüt belgelerinde açıkça bu şekilde telaffuz edilmiştir. Derin devlet yapılanması için toplumda destek görecek bu ismin seçilmesi dahi başlı başına bir psikolojik harp çalışması ürünüdür. Sanıklar da savunmalarında bu konuyu ustalıkla kullanmışlar ve Orta Asya Türk destanları arasında yer alan Ergenekon Destanı'nı sürekli istismar ederek yargılama makamlarına ağır hakaret ve isnatlarda bulunmuşlardır. Oysa burada eleştirilmesi gereken, derin devlet gibi hukuk dışı bu yapılanma için bu ismi uygun gören mantıktır.

Türk Gladyosu'na 'Ergenekon' ismi verildiğinin 1997'den itibaren gündemde olması, köşe yazılarında ve kitaplarda işlenmesi, sanık Doğu Perinçek'in avukatı Ceyhan Mumcu'nun ifadesiyle bunu herkesin bildiğinin beyan edilmesi, bazı sanıklardan ele geçen belgelerde bu ismin geçmesi, örgüt belgelerinde açıkça derin yapılanmaya bu isim verilmesi, sanık Hüseyin Vural Vural, kendi beyanıyla da sabit olduğu üzere 'Ergenekon Yemin Metni' ve Ergenekon' başlıklı kimlik kartlarının ele geçmiş olması, özellikle 1997'de Aydınlık dergisinde yayınlanan sanık Erol Mütercimler'in röportajında ve daha sonra sanık Doğu Perinçek ve grubunun organizeettiği Susurluk Konferansı'nda Türk Gladyosu'nun bu isimle anılması, sanık Doğu Perinçek'ten ele geçen bir dijital belgede 'Uğur Mumcu'yu Çatlı, Yeşil Ergenekon yasallık dışılığı öldürtmüş' ifadelerinin kullanılması, sanık Hikmet Çiçek'ten çıkan bir belgede Özdemir Sabancı Cinayetinde Ergenekon örgütlenmesinin rolü olduğuna dair tespitler bulunması ve Bozkurt teşkilatı isimli diğer bir belgede 'Ergenekon'un ilk adının Bozkurt teşkilatı olduğu' şeklinde açıklamaların yer alması, Tuncay Güney’in mülakatında 'Doğu Perinçek'e Ergenekon'u sorduğumda, bunun askeriye içindeki bir örgütlenme olduğunu ve NATO tarafından Özel Harp Dairesi'ne paralel olarak kurulduğunu söyledi' anlatımının bulunmasına karşılık, birçok sanık ve özellikle sanık Doğu Perinçek’in savunmalarında iddianameye konu olan örgüt için Ergenekon ismi kullanılmasını ağır bir şekilde eleştirmeleri, Türkiye'deki derin devlet yapılanmasının ismi olarak belirlenen 'Ergenekon'u özel olarak gündeme getirmekten kaçınmaları, Can Dündar ve Celal Kazdağlı tarafından yazılan Ergenekon isimli kitapla ilgili olarak 1 Nisan 2001'de Aydınlık dergisinde 'Ergenekon dedikodularının piyasaya sürüldüğü bir dönemde CIA'ya yakın çevrelerin yazdırdığı' denilerek bu kitabın eleştirilmesi, sanıkların Ergenekon isminin gündeme getirildiği yayın organları ve konferanslarla ilgili bir açıklama yapmayıp duruşmadaki savunmalarında 'Savcılar tarafından nasıl Ergenekon ismi kirletilir' şeklinde psikolojik harp tekniği ürünü tepkiler ortaya koymaları Gladio'nun Türkiye'deki örgütlenmesine verilen bu adın açığa çıkmasını engelleyici tavırlar içinde olduklarını açıkça göstermektedir." (AA)